Não existe um especialista que diagnostique a Síndrome de Fadiga Crónica. No entanto a SFC pode ser diagnosticada por médicos de Clínica Geral e de Medicina Familiar, Infeciologistas, Neurologistas, Reumatologistas, Endocrinologistas ou outro médico com conhecimentos e experiência com o acompanhamento da doença.
No entanto, dado à multiplicidade de sintomas e sistemas orgânicos envolvidos o seu acompanhamento deverá ser realizado por uma equipa multidisciplinar visando o controlo de todos os sintomas e um tratamento adaptado a cada doente.